Francisco Gárate, durante su infancia y adolescencia, tuvo que ver cómo los jesuitas eran expulsados de Loyola, primero en 1868 por la “revolución gloriosa” que instauró la Primera República, y luego en 1870, a raíz de la intentona carlista de Azpeitia y Azcoitia.
Por ello, cuando Francisco Gárate quiso en 1874 ingresar en la Compañía de Jesús, tuvo que hacerlo en Poyanne (Francia) donde la Provincia de Castilla, expulsada por la revolución de 1868, tenía desde 1869 su noviciado. Dos años mas tarde, el Hermano Gárate hizo sus primeros votos religiosos en el mismo Poyanne, de donde salió el 29 de octubre de 1877 para ser enfermero y sacristán en el colegio de La Guardia. Allí el 15 de agosto de 1887 hizo sus últimos votos.
Después, a finales de marzo de 1888, fue destinado a la Universidad de Deusto, donde será Portero y Sacristán por más de 41 años, hasta su muerte el 9 de septiembre de 1929. En el ejercicio de éstos cargos se distinguió por la finura de su trato (le llamaban el Hermano "Finuras"), por su capacidad de acogida y negociación, por su serenidad, su discreción, su humildad, su abnegación y su unión con Dios. Virtudes cotidianas practicadas en grado heroico durante toda una vida.
Sus restos, inhumados inicialmente en el cementerio de Deusto, fueron posteriormente trasladados, con intervención del tribunal diocesano, a la Universidad de Deusto, y, después de un examen de los mismos por parte de este tribunal y de una comisión de peritos médicos, fueron encerrados en una caja de zinc y depositados en el pavimento de la capilla pública de la Universidad.
Concluido el proceso ordinario de información en la diócesis de Vitoria, fué entregado en Roma en febrero de 1941. El 26 de febrero de 1950, por decreto de Pío XII, se introdujo su causa. Una reforma de la Universidad de Deusto provocó el traslado de los restos del Hermano Gárate, de la Capilla pública, a una Capilla preparada en el vestíbulo de la Universidad, junto a la portería que él había guardado durante 41 años.
El 11 de febrero de 1982, Juan Pablo II declaró solemnemente la heroicidad de las virtudes del Hermano Gárate. El decreto de aprobación del milagro que se le atribuía fue dado el 9 de mayo de 1985, y el 6 de octubre de 1985 Juan Pablo II procedió a su solemne beatificación.
Como recuerda una lápida expuesta en el pórtico exterior, en 1949, la Señorita Conchita Aztiria y Zabala Anchieta donó el caserío Errekarte a la Compañía de Jesús. El caserío, que hasta el momento de esta donación había seguido siendo habitado y explotado como granja agrícola y ganadera, fue objeto de una inmediata restauración, bajo la dirección del arquitecto azcoitiano Joaquín de Irízar. En 1985, en vísperas ya de la beatificación del Hermano Gárate, su casa natal fue objeto de una ulterior restauración.