Difícilmente ningún papa tuvo que cumplir nunca una más complicada que Juan I en el viaje que hubo de hacer a Constantinopla en el año 526. Bajo la amenaza de las represalias por parte de la población de la península italiana, el rey arriano Teodorico le enviaba al emperador Justino I, a fin de obtener de este que cesara en su opresión a los arrianos para que se convirtieran a la ortodoxia y aun que permitiera que convertidos retornaran al arrianismo. Constantinopla recibió en Juan I a un papa por primera vez en su historia: le acogió como hubiera hecho con el mismo Pedro en persona. El emperador quiso ser coronado de nuevo de manos del pontífice romano y este celebró solemnemente la misa de Pascua en Santa Sofía, rodeado por el clero griego y latino, por la corte y por todo el pueblo (19 de abril del 526). Evidentemente que ni el papa ni el emperador cedieron a las instancias de Teodorico. Por eso, convencido éste de que habla sido burlado, encerró al papa en la cárcel en cuanto regresó a Rávena. Allí le dejó morir de hambre. Cuatro años después, el cuerpo del papa Juan fue trasladado a Roma, en donde se le depositó en la basílica vaticana con los honores reservados a los mártires.