Nació el 26 de abril de 1878 en Cotija, Michoacán. Ingresó al Seminario de la Diócesis de Zamora en el año de 1894, en donde permaneció hasta el año de 1901. Tiempo después, tuvo la encomienda de ser el director espiritual de dicho Seminario y fue nombrado Canónigo de la Iglesia Catedral. Fundó una Congregación religiosa puesta bajo el cuidado de Nuestra Señora de la Esperanza. Muchas generaciones aprendieron la doctrina cristiana con el catecismo que él compuso, el cual perdura hasta nuestros días como una forma de instrucción de fe.
Sufrió varios destierros de su patria y en todas partes donde se encontraba, su amor por las almas lo transformaba en un gigante de la caridad. Mons. Rafael Guízar Valencia no sólo fue un misionero infatigable, sino que también fue un buen pastor que siempre estaba dispuesto a dar la vida por sus ovejas, y fue además, un Padre solícito y bienhechor de los pobres y desamparados. Su visión como pastor le concedió darle una importancia capital a la formación de los sacerdotes, mediante la obra del Seminario Diocesano. Como Obispo de Veracruz sufrió los estragos de la persecución religiosa en México. Escondido en la Ciudad de México por dicha persecución, se dedicaba a prodigar la caridad entre los fieles y a conseguir bienes para el sostenimiento de su Seminario, el cual era para él "como la pupila de sus ojos".
Afectado de diversas enfermedades, fue llamado por el Señor para otorgarle el premio a sus fatigas, el día 6 de junio de 1938, en la Ciudad de México. Su fama de santidad se ha extendido por todo México y por diversos países, particularmente en donde misionó incansablemente: Guatemala, Cuba, Colombia y el sur de los Estados Unidos. Muchos milagros se han logrado por su valiosa intercesión, particularmente curaciones asombrosas y ayudas en situaciones de penuria, especialmente para los necesitados.
S.S. el Papa Juan Pablo II, ha declarado Beato a Mons. Rafael Guízar Valencia el día 29 de enero de 1995, en Roma, Italia en la Patriarcal Basílica Vaticana y ha dado como fecha de su veneración y culto particular el día 24 de octubre.
Fue un ejemplo de pastor abnegado y héroe de las virtudes cristianas.